John McNeill est né dans l'île de Colonsay, dans l'archipel des Hébrides, en Écosse. Il était le troisième des six fils de John McNeill, laird de Colonsay et Oronsay (1767-1846) et de son épouse, Hester née McNeill (morte en 1843), et le plus jeune frère du juge Duncan McNeill, 1er baron de Colonsay et Oronsay.

Après avoir étudié la médecine à l'université d'Édimbourg, où il obtient son diplôme de docteur en médecine en 1814, à l'âge de dix-neuf ans, on le retrouve participant à diverses campagnes militaires ( Indes, Perse et Crimée).

En 1814, McNeill épouse en premières noces Innes, quatrième fille de George Robinson de Clermiston, Midlothian. Elle meurt en 1816, et il se remarie en 1823 avec Eliza, la troisième fille de John Wilson. Après la mort de celle-ci en 1868, il épouse en 1871 lady Emma Augusta Campbell, fille de John Campbell, 7e duc d'Argyll1.
McNeill est le beau-frère (par son 2e mariage) de l'auteur John Wilson, et (par son 3e mariage) de George Campbell, 8e duc d'Argyll.
McNeill est décédé à Poralto (quartier de Californie - Pezou, Cannes, France), le 17 mai 18831. Un monument à sa mémoire se trouve sur le mur sud-est du Liberton Cemetery à Édimbourg, sur la tombe de sa troisième femme, Emma Augusta.